دوسری جانب پاکستان ریلوے نے بھی مذہبی و سیاسی جماعتوں کی جانب سے اسلام آباد میں ممکنہ دھرنے کے پیش نظر متعدد ٹرینیں منسوخ کردی ہیں،لاہور اور راولپنڈی کے درمیان ٹرین آپریشن درہم برہم ہوگیا ہے، لاہور سے راولپنڈی کے درمیان جانے والی تمام ریل کار ٹرینوں اور گرین لائن ٹرین کو بھی منسوخ کردیا گیا ہے،لاہور سے راولپنڈی جانے والی تیزگام ایکسپریس ٹرین کا روٹ تبدیل کرکے اسے لاہور سے براستہ گجرات کی بجائے لاہور سے براستہ فیصل آباد راولپنڈی کے درمیان چلایا گیا اور اسی روٹ سے ہی اس ٹرین کو واپس لایا گیا ہے، لاہور سے راولپنڈی جانے والی 3 ٹرینوں عوام ایکسپریس ٹرین الصبح چلنے والی سبک خرم ریل کار اور جعفر ایکسپریس ٹرین کو کئی گھنٹوں کی تاخیر سے راولپنڈی کےلئے روانہ ہوئی، لاہور،راولپنڈی اور پشاور سیکشن پر ٹرین آپریشن متاثر ہونے کی وجہ سے ریلوے کو ایک روز میں لاکھوں روپے کا مالی نقصان کا سامنا کرنا پڑا ہے۔
ریلوے اسٹیشنز پر سیکورٹی انتظامات کو سخت کردیا گیا ہے اور کمانڈوز کو اسٹیشنز کے داخلی اور خارجی راستوں پر تعینات کرکے ٹرینوں کے اندر بھی کمانڈوز کو گشت کرنے اور کسی بھی ناگہانی صورتحال میں ٹرین ڈرائیوروں کو بھی تحفظ فراہم کرنے کی ہدایت کی گئی ہے۔ ڈی آئی جی ریلوے پولیس وقار عباسی نے لاہور،راولپنڈی،پشاور،جہلم،لالہ موسی،گجرات اوروزیر آباد ریلوے سٹیشنوں اور پلیٹ فارموں پر کمانڈوز کو گشت اور الرٹ رہنے کی ہدایات کی گی ہیں۔